Η ορθογράφηση των λημμάτων γίνεται κατά κανόνα με χρηστικά και εκπαιδευτικά κριτήρια, τα οποία δεν στηρίζονται σε διαισθητικές αποτιμήσεις, αλλά σε στατιστικά στοιχεία από διάφορες βάσεις δεδομένων. Η ορθογραφία είναι ένα συμβατικό σύστημα το οποίο διαμορφώνεται σε αρκετές περιπτώσεις εντελώς αυθαίρετα. Όταν η χρήση έχει καθιερώσει συγκεκριμένη ορθογραφική παράσταση μιας λέξης, είναι ουτοπικό να επιχειρήσει κανείς την αλλαγή της, ακόμα και αν τα επιστημονικά επιχειρήματα που προσκομίζονται είναι γενικώς αποδεκτά ή ακόμα και αδιαμφισβήτητα. Η τσιπούρα με ετυμολογικά κριτήρια ορθογραφείται «σωστά» με δύο π (τσιππούρα < αρχ. ἵππουρος), με χρηστικά όμως κριτήρια γράφεται με ένα π. Είναι μάταιη κάθε προσπάθεια επιβολής των «σωστών» με ετυμολογικά κριτήρια ορθογραφήσεων αγώρι, γλύκυσμα, ρωδάκινο, τσηρώτο, όταν ο κόσμος γράφει: αγόρι, γλύκισμα, ροδάκινο, τσιρότο.

Στο παρόν Λεξικό παρουσιάζονται για πρώτη φορά διπλές ορθογραφήσεις. Όταν εμφανίζονται στην κεφαλή του λήμματος είναι απολύτως ισότιμες: εταιρεία & εταιρία. Συχνά τίθεται με μπλε στοιχεία ο επικρατέστερος τύπος και ακολουθεί με απλά στοιχεία ο λιγότερο συχνός: αναμεμειγμένος & αναμεμιγμένος. Παράλληλα εφιστάται η προσοχή του χρήστη με ενδείξεις του τύπου: παρακολουθήστε, εσφαλμ. παρακολουθείστε.  Σε ορισμένες περιπτώσεις προτιμάται η απλούστερη γραφή, έστω και αν στατιστικά εμφανίζεται συχνότερα η παλαιότερη ορθογραφία: χρυσόβουλο & χρυσόβουλλο.

Ως γενικός κανόνας για τις ξένες λέξεις, ισχύει ότι σε περιπτώσεις αμφιβολίας προτιμάται το ι έναντι των: η, υ, ει, οι (π.χ. μπίρα), το ο έναντι του ω (π.χ. μοβ) και το ε έναντι του αι (π.χ. ρελέ). Τα διπλά σύμφωνα αποφεύγονται σε νεότερους επιστημονικούς όρους.

Στο ετυμολογικό μέρος καταγράφονται επιλεκτικά παλαιότερες ορθογραφήσεις: όμορφος < αρχ. εὔμορφος – παλαιότ. ορθογρ. ώμμορφος, σιντριβάνι < τουρκ. şadιrvan – παλαιότ. ορθογρ. συντριβάνι.